الاهتمامات البحثية
أنا محلل أنظمة الجينوم في معهد غارفان بخلفية في اختبار علم الأمراض السريرية والخوارزميات وتطوير البرمجيات. من خلال قيادة التطوير الحسابي داخل مجموعة تقنيات الجينوم التابعة لمركز علم الجينوم السكاني ، أطبق مهاراتي الفريدة لتطوير أدوات المعلومات الحيوية الجديدة ، بالإضافة إلى تصميم ودعم البنية التحتية لتسلسل المسامير النانوية.
تشمل مجالات بحثي ما يلي:
-
تحليل إشارة Nanopore
-
الاختبارات السريرية وتطوير الطريقة
-
اضطرابات التكرار الترادفي القصير
-
علم الجينوم الفيروسي (HIV / SARS-Cov-2)
-
التسلسل أحادي الخلية
-
تسلسل الحمض النووي الريبي المباشر
-
تجميع الجينوم
-
كشف المثيلة
-
الآلة / التعلم العميق
يسلط الضوء على المنشورات
فيرجسون ، جمو MA سميث (2019). "SquiggleKit: مجموعة أدوات لمعالجة بيانات إشارة nanopore."المعلوماتية الحيوية 35 (24): 5372-5373.
سميث ، ماساتشوستس ، تي إرسافاس ،جي إم فيرجسون، H. Liu ، MC Lucas ، O. Begik ، L. Bojarski ، K. Barton and EM Novoa (2020). "الترميز الجزيئي للـ RNAs الأصلي باستخدام التسلسل النانوي والتعلم العميق."Genome Res 30 (9): 1345-1353.
فيرجسون ، جم، H. Gamaarachchi ، T. Nguyen ، A. Gollon ، S. Tong ، C. Aquilina-Reid ، R. Bowen-James and IW Deveson (2021). "InterARTIC: تطبيق ويب تفاعلي لتحليل تسلسل الجينوم النانوي الكامل لـ SARS-CoV-2 والفيروسات الأخرى."المعلوماتية الحيوية.