James M. Ferguson
Bioinformatico
Sono un bioinformatico specializzato in tecnologie genomiche, sequenziamento di nanopori in tempo reale, analisi del segnale, apprendimento automatico e hardware associato. Ho un background nello sviluppo di software e più di un decennio di esperienza nel settore della patologia.
Interessi di Ricerca
Sono un analista di sistemi genomici presso il Garvan Institute con esperienza in test di patologia clinica, algoritmi e sviluppo di software. Guidando lo sviluppo computazionale all'interno del Genomic Technologies Group del Center for Population Genomics, applico le mie capacità uniche per sviluppare nuovi strumenti bioinformatici, nonché per progettare e supportare l'infrastruttura di sequenziamento dei nanopori.
Le mie aree di ricerca includono:
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Analisi del segnale dei nanopori
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Test clinici e sviluppo di metodi
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Disturbi della ripetizione in tandem breve
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Genomica virale (HIV/SARS-Cov-2)
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Sequenziamento a cella singola
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Sequenziamento diretto dell'RNA
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Assemblaggio del genoma
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Rilevazione della metilazione
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Machine/Apprendimento profondo
Punti salienti della pubblicazione
Ferguson, JMe MA Smith (2019). "SquiggleKit: un toolkit per manipolare i dati del segnale dei nanopori." Bioinformatica 35(24): 5372-5373.
Smith, MA, T. Ersavas,JM Ferguson, H. Liu, MC Lucas, O. Begik, L. Bojarski, K. Barton e EM Novoa (2020). "Codifica a barre molecolari di RNA nativi utilizzando il sequenziamento dei nanopori e il deep learning."Genome Res 30(9): 1345-1353.
Ferguson, JM, H. Gamaarachchi, T. Nguyen, A. Gollon, S. Tong, C. Aquilina-Reid, R. Bowen-James e IW Deveson (2021). "InterARTIC: un'applicazione web interattiva per l'analisi del sequenziamento dei nanopori dell'intero genoma di SARS-CoV-2 e altri virus."Bioinformatica.