研究内容
私は Garvan Institute のゲノム システム アナリストであり、臨床病理検査、アルゴリズム、およびソフトウェア開発のバックグラウンドを持っています。 Center for Population Genomics の Genomic Technologies Group 内で計算開発をリードし、独自のスキルを適用して新しいバイオインフォマティクス ツールを開発し、ナノポア シーケンス インフラストラクチャを設計およびサポートしています。
私の研究分野は次のとおりです。
-
ナノポア信号解析
-
臨床試験と方法開発
-
ショートタンデムリピート障害
-
ウイルスゲノミクス (HIV/SARS-Cov-2)
-
シングルセルシーケンシング
-
ダイレクト RNA シーケンス
-
ゲノムアセンブリ
-
メチル化検出
-
機械・深層学習
出版物のハイライト
ファーガソン、JMおよび MA スミス (2019)。 "SquiggleKit: ナノポア信号データを操作するためのツールキット。」 バイオインフォマティクス 35(24): 5372-5373。
スミス、マサチューセッツ州、T. Ersavas、J.M.ファーガソン、H. Liu、MC Lucas、O. Begik、L. Bojarski、K. Barton、EM Novoa (2020)。 "ナノポアシーケンシングとディープラーニングを使用したネイティブ RNA の分子バーコーディング。ゲノム解像度 30(9): 1345-1353。
ファーガソン、JM、H. Gamaarachchi、T. Nguyen、A. Gollon、S. Tong、C. Aquilina-Reid、R. Bowen-James、IW Deveson (2021)。 "InterARTIC: SARS-CoV-2 およびその他のウイルスの全ゲノム ナノポア シーケンス解析のためのインタラクティブな Web アプリケーション。「バイオインフォマティクス。